Double champion de Colombie D1 (1998 et 1999) avec Deportivo Cali puis double champion d'Argentine D1 (apertura 1999 et clausura 2000) avec River Plate, puis vainqueur de la Copa America 2001 avec la Colombie A, Mario figure dans l'équipe-type d'Amérique du Sud 2001.
Arrivé au FC Nantes en 2002 en même temps que Mauro Cetto, un autre défenseur sud-américain, El Rey (comme le surnommaient les supporters jaunes et verts) s'est imposé comme le patron de la défense nantaise grâce à son intelligence, sa lecture du jeu et à ses tacles spectaculaires.
En 2004, il rejoint le Paris SG, avec lequel il remporte la Coupe de France 2006.
Le 4 février 2007, lors du match OM-PSG (1-1), il est blessé lors d'un contact avec Djibril Cissé. Il souffre d'une fracture de la malléole externe de la cheville gauche, qui l'éloigne des terrains de football pendant trois mois.
